Está ubicado al sur del departamento del Huila sobre el majestuoso relieve de los Andes colombianos, específicamente en la cordillera oriental a 1730 metros sobre el nivel del mar, en las estribaciones del ponderado macizo colombiano desde donde fluye la más significativa riqueza hídrica de Colombia.
Region humeda con frecuentes lluvias con una temperatura aproximada de 18°, en las noches la temperatura baja haciendolas frias, aquí nace en la laguna que lleva su mismo nombre uno de los ríos más importantes que tiene Colombia El magdalena, ademas 14 rios entre ellos el majuas, rionegro, quinchana, ovejeras, mulales, osoguaico, mazamorras.
En su costado derecho el municipio cuenta con una extensión de 1300 kms cuadrados aproximadamente. En el ambiente montañoso que le circunda se hallan picos con alturas entre 1100 mts hasta 4300 mts sobre el nivel del mar, entre los cuales se tiene el de cutanga.
San Agustín dista aproximadamente de la capital departamental del Huila Neiva, unos 215 kilómetros y, desde la capital colombiana Bogotá, unos 540 kms.
En su recorrido desde Neiva, se puede visitar sitios importantes como el mirador de la represa de betania, la ceiba de Gigante, pericongo sitio donde se suicido la caciqua de la Gaitana, Pitalito centro comercial del sur colombiano, también se podrá divisar los distintos paisajes que conforman la cordillera oriental y central hasta la falda del macizo colombiano, contemplando los distintos relieves, ríos y climas de la región.
El tiempo de recorrido en vehículo es de 4 horas aproximadamente, con salida continua de transporte publico desde Neiva con escala en Pitalito o directo, con un costo aproximado de $20.000 pesos (US 10).
También se puede llegar a San Agustín desde Popayan que dista 120 kms pasando por el municipio de San Jose de Isnos, atravesando el páramo y parte del parque natural nacional purace, dejando a la vista su exuberante naturaleza de ríos, montañas y bosques, esta vía es pavimentada en su gran mayoría, faltando algunos pocos kilómetros, la carretera destapada esta en muy buen estado, y su recorrido en carro puede durar 4 horas aproximadamente, siendo una opción muy importante para los turistas que se desplacen desde los departamentos del eje cafetero, Valle, Cauca, Nariño y Antioquia, con servicio de transporte publico desde Cali o Popayan. En su recorrido se puede disfrutar de los termales de Coconuco, un sitio bastante agradable para turistas.
